ALANIN AMINOKISLOTASINING DFT HISOBLASHLARI, PASS ANALIZI VA MOLEKULYAR DOKINGI
Keywords:
aminokislota, kvant-kimyoviy hisoblash, DFT, HOMO, LUMO, alanin, PASS analiz, molekulyar dokingAbstract
Maqolada alanin aminokislotasining kimyoviy xossalari va kvant-kimyoviy hisoblashlarini o‘rganishga bag‘ishlangan adabiyotlar tahlil etilib, natijalar o‘rtasidagi bog‘liqlik o`rganiladi. Gaussian dasturida alaninning geometriyasini to‘liq optimallashtirish bilan elektron tuzilishini hisoblash DFT - funktsional zichlik nazariyasi usulida B3LYP/6-31**G va B3LYP/6-311++G(d,p) hamda M062X/6-311++G** valent bo‘lingan asosli to‘plamlar doirasida amalga oshirildi. Shuningdek, alanin molekulasining biologik faolligi – PASS analizi va molekulyar doking usullarida baholandi.
References
Северин Е.С. Биохимия: Учебник для вузов под. редакции Северина Е.С. – Москва: ГЭОТАР Медиа. – 2004. – 784 с.
Сыровая А.О., Шаповал Л.Г., Макаров В.А. и др. Аминокислоты глазами химиков, фармацевтов, биологов в двух томах. - Харьков. – Щедра садиба плюс.-2014. – Том №1. – 228 с.
Qodirova Z.K. Bioorganik kimyodan laboratoriya mashg‘ulotlari. Elektron hisoblash mashinalari uchun yaratilgan dasturning rasmiy roʻyxatdan oʻtkazilganligi toʻgʻrisidagi guvoxnoma. № DGU 35294. Talabnoma DGU 202402965. Dasturiy mahsulotlar davlat reestrida 25.03.2024 y. roʻyxatdan oʻtkazilgan.
Qodirova Z.K. Bioorganik kimyodan laboratoriya mashg’ulotlari. O’quv qo’llanma. Buxoro, Durdona. 2022. -144 b.
Племенков В.В. Введение в химию природных соединений. Казань. 2001. 376 c.
Тюкавкина Н.А., Бауков Ю.И.. Биоорганическая химия. 3-е издание. Москва. 2004. 528 c.
Бутырская Е.В., Компьютерная химия: основы теории и работа с программами Gaussian и Gaus Veiw. Москва, Салон-Пресс, 2011, 224 с.
Cramer J.C. Essentials of Computational Chemistry. Theories and Models. John Wiley, 2004, p.596.
B.T. Ibragimov, M.Y. Ergashov, A.G. Yeshimbetov, E.B. Eshtemirov, A.T. Jo‘rayev. Kimyoda kompyuter modellashtirish. [Matn]: darslik / - Buxoro: “BUXORO DETERMINANTI”MCHJning Kamolot nashriyoti, 2022. -284 b.
Rappoport D., Furche F. Property-optimized Gaussian basis sets for molecular response calculations //The Journal of chemical physics. – 2010. – Т. 133. – №. 13. – С. 134105.
Scuseria G. E. Linear scaling density functional calculations with Gaussian orbitals //The Journal of Physical Chemistry A. – 1999. – Т. 103. – №. 25. – С. 4782-4790.
Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ PASS № 2006613275 от 15 сентября 2006 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам.
Филимонов Д.А., Поройков В.В. Прогноз спектров биологической активности органических соединений // Российский химический журн. — 2006. — № 2(50). — С. 66–75.
Liu, Y., Grimm, M., Dai, W. T., Hou, M. C., Xiao, Z. X., & Cao, Y. (2020). CB-Dock: a web server for cavity detection-guided protein–ligand blind docking. Acta Pharmacologica Sinica, 41(1), 138-144.
Liu Y. et al. CB-Dock2: Improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting //Nucleic acids research. – 2022. – Т. 50. – №. W1. – С. W159-W164.
Jumaqulov Sh.T., Ganiyev B.Sh., Xoliqova G.Q., Jumayeva Z.R., Samiyev S.N. L-Leysin Aminokislotasining Kimyoviy Xossalari Va Kvant-Kimyoviy Hisoblashlari //Journal of Innovation in Education and Social Research. – 2024. – Т. 2. – №. 1. – С. 92-96.
Jumaqulov Sh.T., Ganiyev B.Sh., Xoliqova G.Q., Jumayeva Z.R., Samiyev S.N. Glitsin aminokislotasining kvant-kimyoviy hisoblashlari. “Fizikaviy va kolloid kimyo fanlarining fundamental va amaliy muammolari hamda ularning innovatsion yechimlari” mavzusidagi xalqaro ilmiy-amaliy anjumani. 9-10 fevral. Namangan. 2024. B. 1113-1116
Jumaqulov Sh.T., Ganiyev B.Sh., Samiyev S.N., Jumayeva Z.R., Xoliqova G.Q. Glitsin aminokislotasining kvant-kimyoviy hisoblashlari. Tibbiyot sohasida tibbiy kimyo, biokimyo va biofizikada istiqbolli tadqiqotlar. Xalqaro ilmiy-amaliy anjuman tezislar to’plami. Buxoro. 17-18may. B. 175-178
Arslan T, Kandemirli F, Ebenso EE, Love I, Alemu H. Quantum chemical studies on the corrosion inhibition of some sulphonamides on mild steel in acidic medium. Corrosion Sci 2009;51(1):35–47.
Filimonov D. A. et al. Prediction of the biological activity spectra of organic compounds using the PASS online web resource //Chemistry of Heterocyclic Compounds. – 2014. – Т. 50. – С. 444-457.
Ganiyev B.Sh., Jumaqulov Sh.T., Jumayeva Z.R., Xoliqova G.Q., Samiyev S.N. Glitsin va alanin aminokislotalarining 5XMZ oqsiliga molekulyar dokingi. “Kimyoning dolzarb muammolari” mavzusidagi Respublika ilmiy-amaliy konferensiya materiallari to‘plami. 21-22-iyun. Urganch. 2024. B. 340-342
Авезов Қ.Ғ., Умаров Б.Б., Ганиев Б.Ш., Эргашова Б.З., Холиқова Г.Қ. 2-трифторацетилциклогексанон бензоилгидразонининг 5XMZ оқсилига таъсирини молекуляр докинг усулида ўрганиш. “Супрамолекуляр кимёнинг ютуқ ва истиқболлари” мавзуидаги Республика илмий-амалий анжумани. 15 май. Тошкент. Б. 62-63
Rahmatova R.S., Abduraxmonov S.F., Xudoyarova E.A., Ganiyev B.Sh., Mardonova G.E. Asetilasetoanilidning xossalari va molekulyar dokingi. “Supramolekulyar kimyoning yutuq va istiqbollari” mavzuidagi Respublika ilmiy-amaliy anjumani. 15 may. Toshkent. B. 216-218
Homitova G.Z., Avezov H.T., Ganiyev B.Sh. Qalampir yalpiz o‘simligidan ajratib olingan efir moyi tarkibidagi mentolning molekulyar dokingi. “Supramolekulyar kimyoning yutuq va istiqbollari” mavzuidagi Respublika ilmiy-amaliy anjumani. 15 may. Toshkent. B. 187-189
Авезов Қ.Ғ., Умаров Б.Б., Холикова Г.Қ. PASS ONLINE, CB-DOCK2, ARGUSLAB дастурларида 2-трифторацетил-циклогексанон бензоилгидра-зонининг анализи ва молекуляр докинги. “Товарлар кимёси ҳамда Халқ табобати муаммолари ва истиқболлари” мавзусидаги X Халқаро миқёсидаги илмий-амалий анжуман. Андижон. 2023 й. 15-16 сентьябр. Б. 63-65
